Une fois le chargement livré, la facture est générée automatiquement dans le TMS ou les informations sont conservées pour une facture groupée. Le service administratif peut contrôler les informations de livraisons et envoyer la facture. Des coûts particuliers comme les heures d'attente, le reconditionnement ou les frais de réservation, peuvent être ajoutés sur la facture.
Si le transport est externalisé, la facture du sous-traitant peut être contrôlée grâce au lien entre la commande de transport et les accords tarifaires. La facturation automatique est également possible. La facture d'achat sera jointe au dossier par "scanning de documents".